
Monardes publicó un gran número de libros de suma importancia. En Diálogo llamado pharmacodilosis (1536) examinó el humanismo, y sugirió el estudio profundo de autores clásicos, principalmente de Pedanius Discorides. Discutió acerca de la importancia del griego y el árabe en la medicina, en De Secanda Vena in pleuriti Inter Grecos et Arabes Concordia (1539). De Rosa et partibus eius (1540) fue un tratado acerca de las rosas y los frutos cítricos.
Su trabajo más significante y conocido fue Historia medicinal de las cosas que se traen de nuestras Indias Occidentales, publicado en tres partes bajo diversos títulos (de 1565, 1569 y completado en 1574 y reimpreso sin cambios en 1580). Este fue traducido al latín por Charles de l'Écluse y al inglés por John Frampton.
Lista de trabajos de Monardes:
• 1536: Diálogo llamado pharmacodilosis.
• 1539: De Secanda Vena in pleuriti Inter Grecos et Arabes Concordia.
• 1540: De Rosa et partibus eius.
• 1569: Dos libros, el uno que trata de todas las cosas que se traen de nuestras Indias Occidentales, que sirven al uso de la medicina, y el otro que trata de la piedra bezaar, y de la yerva escuerçonera. Sevilla: Hernando Díaz.
• 1571: Segunda parte del libro des las cosas que se traen de nuestras Indias Occidentales, que sirven al uso de la medicina; do se trata del tabaco, y de la sassafras, y del carlo sancto, y de otras muchas yervas y plantas, simientes, y licores que agora nuevamente han venido de aqulellas partes, de grandes virtudes y maravillosos effectos. Sevilla: Alonso Escrivano, 1571.
• 1574: Primera, segunda y tercera partes de la historia medicinal de las cosas que se traen de nuestras Indias Occidentales, que sirven en medicina; Tratado de la piedra bezaar, y dela yerva escuerçonera; Diálogo de las grandezas del hierro, y de sus virtudes medicinales; Tratado de la nieve, y del beuer frío. Sevilla: Alonso Escrivano.
• 1580: Reimpresión la publicación de 1574. Sevilla: Fernando Díaz.
• 1580: Historia Medicinal. Sevilla. Para Samuel Fastlicht.
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