El Altar de la Magdalena

Se encuentra a la izquierda de la portada de la Adoración, de los Reyes, llamada también de los Palos. Los patronos de este altar don Pedro García de Villadiego y su esposa Catalina Rodríguez, quienes lo dotaron en 1537. Las pinturas pueden fecharse en torno a la fecha citada y son obras de un anónimo seguidor de Alejo Fernández. Los temas representados son La Magdalena a los pies de Cristo Resucitado en el cuerpo principal y La Anunciación situada en el ático. En el banco del retablo figuran el retrato D. Pedro García de Villadiego con San Benito el retrato de Doña Catalina Rodríguez con San Francisco. En las alas laterales del retablo figuran Santa Catalina con Santa Barbara y San Andrés, Santiago, San Pedro y San Pablo.
Sobre el interior de la puerta de los palos figura una vidriera que representa a San Sebastián, realizada 1535. En ella el rostro del santo es el retrato de Carlos I. Bajo la vidriera aparecen otra representación de San Sebastián realizada en pintura sobre tabla, obra de Antonio de Arfián, fechable a mediados del siglo XVI.